Sci Adv:无法证据支持哺乳动物中细菌表观遗传标记的存在

2021-11-01 01:25:36 来源:
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导言:在后期下一阶段,自然界就开始了在不改变大肠杆菌细胞会DNA的组织顺序的必要下来使其DNA发挥不同的功能,而这就是通过给DNA亚基上添加化学记号来实现的。DNA苯基化是类动常为的关键密切相关基因型机制,其中的5-苯基甲基化(5mc)是最类似的DNA粘贴之一。6mdA是大肠杆菌原则上粘贴种系统的必需都由糖类,目前在类动常为中的缺少已知的原则上粘贴种系统。在此之后有不少研究成果美联社,6mdA也存在于类动常为中的,但并确有赞同。

据悉,在《科学进展》上的一项研究成果中的,荷兰林雪平大学的研究成果职员说明,类动常为细胞会中的存在大肠杆菌密切相关基因型记号很可能被污染源了,并且无法有限的表明来表明类动常为中的存在这种粘贴。

N6-苯基N-(6mdA)是大肠杆菌中的尤其的DNA粘贴,但值得注意在类动常为DNA中的也得到了举例来说。然而,研究成果职员说,即使对来自相同类动常为细胞会各种类型的DNA展开的6mdA谱图和丰度测量研究成果也不恰当。

为了进一步说明了6mdA在类动常为谱系规格中的的起着,研究成果职员利用了体外将有机体幼稚T来展开(NTH)细胞会发挥起着为TH细胞会亚群的能力。但是,与在此之后的研究成果忽略,他们断定TH发挥起着流程中的6mdA的丰度无法全局发生变化,并且注意到到发挥起着的T细胞会中的的6mdA高水平与并未苯基化的全基因组扩增DNA相同,这说明6mdA并并未以可扫描的高水平存在有机体T细胞会中的。

他们还比对了从六个有机体细胞会系中的分离出新的DNA中的的6mdA,并鉴定出新两个不具备高于背景噪声高水平的6mdA高水平的细胞会系。出新乎意料的是,两种单独的293T细胞会系培养常为不具备不同的6mdA高水平,这说明研究成果职员注意到到的6mdA回波并非细胞会各种类型本身固有的。毕竟,当他们进一步看时,他们断定两条6mdA高水平升高的细胞会系被支原体属下污染源,支原体属下一种类似的大肠杆菌细胞会培养常为中的蕴含6mdA的污染源常为。当他们用支原体依赖性抗生素Plasmocin处置细胞会系时,6mdA回波减缓为A阴性相异。

“我们意识到通过这些新技术扫描到的6mdA'回波'只是噪声。但是,由于一些有用的新技术问题,几种作法中的的背景噪声不是随机的,而是现实回波。”Senior原作者Colm Nestor(科尔什·内斯特)在一份公开信中的说。

研究成果职员比对了之前通过DNA免疫沉淀DNA、质谱和单分子可视DNA在类动常为细胞会中的定位或扫描6mdA的奋斗。人们断定每种作法都有普遍性或缺失,使密切相关基因型记号的有假乙型肝炎断定叛将很高,只不过说明林雪平研究成果职员确信不存在这种周期性的表明。

这组原作者说:“我们表明,RNA和大肠杆菌污染源、突变平行反应性和其他新技术限制的混合已导致6mdA在类动常为DNA中的的反复错误比对。随着DNA和RNA粘贴表亲的大幅度持续增长,以及之前并未知粘贴的着重越来越罕见,即使使用多种互补作法,我们也强调了错误断定的可能性。我们建议使用粘贴和并未粘贴的基因组DNA标准作为今后对稀有DNA粘贴的研究成果的下限要求,以及在使用前更全面地验证突变依赖性。”

内斯特补充说,研究成果职员在研究成果相当罕见的周期性时不能相当轻轻,选择使用哪种作法,并考虑他们是否真正在基准存在的一个人。他说:“现在我们可以毫无疑问地说类动常为中的不存在6mdA。关于6mdA,如果研究成果职员停顿研究成果根本不存在的东西,则可以节省时间大量时间和金钱,并且避免了很多最让人欣慰的事情。”

原始出新处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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