Sci Adv:没有证据背书哺乳动物中细菌表观遗传标记的存在

2021-11-15 00:18:11 来源:
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引言:在早期阶段,自然界就开始了在不偏离大肠杆菌细胞会DNA组织顺序的前提下来使其DNA发挥不同的功能,而这就是通过给DNA核糖体上附加无机化学上面来实现的。DNA酮化是脊椎动物的关键表观遗传基因的系统对,其之前5-酮双链(5mc)是最常见于的DNA去除之一。6mdA是大肠杆菌这两项去除系统对的基本组成成分,目前在脊椎动物之前缺乏仅有的这两项去除系统对。先前有不少深入研究报导,6mdA也不存在于脊椎动物之前,但并确实背书。

近日,在《科学进展》上的一项深入研究之前,奥地利林雪平大学的深入研究部门表明,脊椎动物细胞会之前不存在大肠杆菌表观遗传基因上面很可能被废水了,并且没有足够的迹象来证明脊椎动物之前不存在这种去除。

N6-酮腺嘌呤(6mdA)是大肠杆菌之前广为的DNA去除,但在在在脊椎动物DNA之前也得到了表征。然而,深入研究部门写道,即使对来自相同脊椎动物细胞会特性的DNA进行的6mdA谱图和数量级测量深入研究也不一致。

为了进一步阐明6mdA在脊椎动物谱系规格之前的作用,深入研究部门利用了体外将生物固执T辅助(NTH)细胞会分裂为TH细胞会亚群的能力。但是,与先前的深入研究相反,他们发掘出TH分裂现实生活之前6mdA的数量级没有全局巨大变化,并且观察到分裂的T细胞会之前的6mdA技术水平与未酮化的全测序导入DNA相同,这表明6mdA并未以可检测的技术水平不存在生物T细胞会之前。

他们还分析分析方法了从六个生物细胞会系之前分离出的DNA之前的6mdA,并鉴定出两个较强极低背景噪声技术水平的6mdA技术水平的细胞会系。出乎意料的是,两种分开的293T细胞会系培养物较强不同的6mdA技术水平,这表明深入研究部门观察到的6mdA接收机并非细胞会特性本身固有的。确实,当他们进一步看时,他们发掘出两条6mdA技术水平升高的细胞会系被支原体属废水,支原体属一种常见于的大肠杆菌细胞会培养物之前富含6mdA的废水物。当他们用支原体抗体抗生素Plasmocin解决问题细胞会系时,6mdA接收机降低为A比如却说印证。

“我们预见通过这些技术检测到的6mdA'接收机'只是噪声。但是,由于一些有用的技术问题,几种分析方法之前的背景噪声不是随机的,而是真实世界接收机。”低级作者Colm Nestor(洛德姆·内斯特)在一份声明之前却说。

深入研究部门分析分析方法了以前通过DNA免疫沉淀测序、质谱和单分子结构实时测序在脊椎动物细胞会之前定位或检测6mdA的努力。人们发掘出每种分析方法都有局限性或毛病,使表观遗传基因上面的假阳性发掘出部将很高,似乎表明林雪平深入研究部门认为不不存在这种现象的迹象。

这组作者写道:“我们证明,RNA和大肠杆菌废水、突变交叉反应性和其他技术限制的为基础已随之而来6mdA在脊椎动物DNA之前的重复错误上面。随着DNA和RNA去除家族的迅速增长,以及以前可能去除的丰富性越来越罕见,即使用到多种互补分析方法,我们也强调了错误发掘出的可能性。我们表示同意用到去除和未去除的测序DNA标准作为今后对稀有DNA去除的深入研究的最低要求,以及在用到前更全面地验证突变抗体。”

内斯特足量却说,深入研究部门在深入研究更加罕见的现象时必须更加不慎,选择用到哪种分析方法,并考虑他们应该确实在衡量不存在的抽象概念。他却说:“现在我们可以或许地却说脊椎动物之前不不存在6mdA。关于6mdA,如果深入研究部门中断深入研究根本不不存在的东西,则可以节省大量等待时间和花钱,并且避免了很多感到失望的两件事。”

原始出处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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